BeagleBoneのマイコンはTiのAM3359ですが、これはOMAP3と呼ばれる系列のSOCで、TIではOMAP3の開発支援環境としてOSを前提としないバイナリ開発用のSDK(Starterware)や、Linux用、Android用等のSDKを提供しています。なお、OMAP3という呼び方以外に、AM3359はSitaraという系列でも呼ばれるようです。
自分はあまりAndroidには興味がない*1ので、TiよりLinux用SDKを入手してUbuntu上にSDKを展開しました。このSDKを使うことでBeagleBone用のKernelやuBootバイナリをソースからコンパイルすることが可能になるようです。
＊UbuntuはWindows8の仮想環境にインストールしました。Ubuntuの導入や、SDKの展開は追って記載（Windows8の仮想環境構築はかなり手こずりました）＊
Ubuntu上のSDKにおいて、SDカード作成スクリプト（create-sdcard.sh）を使うことで起動用のSDメディアが作れます。BeagleBoneに挿入してブートさせると、Arago Linuxというのが立ち上がりました。AragoLinuxというのはOMAP3等をターゲットにしているディストリビューションで、流れとしてはAngstrom系列のようです。（BeagleBoneを買うと付いてくるSDのプリインストールLinux相当）
SDKのインストールとSD作成までの手順をGoogleDocument上に記載しました。都合によりへなちょこ英語ですが興味がありましたらご覧ください。
GoogleDocument ドキュメントタイトル：「ti_sdk_setup」
https://docs.google.com/document/d/17rOGdnQONnO-1hoE4IfKX7oqche22aimH94E6vZDckM/edit
意味わからんという場合はご質問ください。
■ご参考URL
Linux EZ ソフトウェア開発キット（EZSDK）、Sitara(TM) ARM(R) マイクロプロセッサ用
http://software-dl.ti.com/dsps/dsps_public_sw/am_bu/sdk/AM335xSDK/latest/index_FDS.html
Sitara Linux Software Developer's GuideのPDFにKernelコンパイル手順やuBootのコンパイル手順が記載されてます。
SDKのWiki（このページから各種ドキュメントにリンクが張られています）
http://processors.wiki.ti.com/index.php/Sitara_Linux_Software_Developer%E2%80%99s_Guide
kernel ビルド手順(wiki)
http://processors.wiki.ti.com/index.php/AMSDK_Linux_User%27s_Guide
AragoLinux Wiki
http://arago-project.org/wiki/index.php/Main_Page
AM335x-PSP 04.06.00.09 Release Notes
http://processors.wiki.ti.com/index.php/AM335x-PSP_04.06.00.09_Release_Notes
AM335x PSP User's Guide
http://processors.wiki.ti.com/index.php/AM335x_PSP_User%27s_Guide
TIのSitara(AM335x等)トレーニング資料(bootcamp)
http://focus.ti.com/docs/training/catalog/events/event.jhtml?sku=OLT312000
そもそも、、PSPって何？という解説ページ
http://processors.wiki.ti.com/index.php/PSP_Introduction_and_Product_FAQ#What_is_PSP_.3F
[PSP stands for Platform Support Products]だそうです。
